פקיעין נמצאת בגליל העליון המרכזי, לא רחוק ממעלות. בתלמוד נקרא המקום תקוע, פקע, בקע. בספר הזוהר הוא נקרא פקיעין וכנראה שהגרסה הערבית לשם המקום, אל- בקיעה, היא הסבה לערבית של השם העברי פקיעין. משערים שהשם פקיעין פירושו בקעה בין הרים.

ראשיתו של היישוב היהודי פקיעין היא בימי בית שני. לאורך כל התקופה הייתה בקע יישוב חשוב בגליל. יוספוס פלביוס הזכיר את כפר בקע בספרו "מלחמות היהודים". לאחר חורבן בית שני הגיעו משפחות כוהנים מירושלים לגליל ורבי יוסף ומספר משפחות מירושלים השתקעו בפקיעין. בזמן מרד בר כוכבא (132 – 135 לס') הסתתרו, עפ"י מקורות יהודיים (הספרות התנאית, מדרש רבה), במערה בפקיעין רבי שמעון בר יוחאי ובנו רבי אלעזר. הם שהו במערה 13 שנים. ובזכות עצי החרוב שספקו להם את מקור המזון ומעיין המים החיים 

ב- 1522 הגיע התייר היהודי משה באסולה לארץ וביקר בפקיעין שנקראה אז בשמה הערבי "בוקיעה". באסולה הזכיר בספרו עובדי אדמה יהודיים בפקיעין. יהודי פקיעין עסקו, נוסף על עיסוקם בחקלאות, בתעשיית המשי. ב- 1824 חיו בפקיעין כ- 20 משפחות של צאצאי היהודים מימי הבית השני. הן עסקו בחקלאות וספקו תוצרת חלב, דבש, לימונים ותפוחים לשווקים בארץ. ב- 1837 התיישבו בכפר יהודים אשכנזים, שברחו מצפת בשל רעידת אדמה, אך באותה שנה פקדה את האזור כולו רעידת אדמה, ופקיעין נפגעה מאוד.

בית הכנסת ועתיקות פקיעין

ב- 1873 הסתיימה בנייתו מחדש של בית הכנסת. בית הכנסת נמצא במרכז הכפר והוא הוקם על המקום שבו עמד בית הכנסת העתיק. בית הכנסת העתיק היה מטיפוס בתי הכנסת הגליליים בברעם ומירון. בית הכנסת העתיק הוקם על שרידי בית מדרשו של רבי יהושע בן חנניה. עפ"י מסורת בני המקום הובאו לבית הכנסת אבנים מבית המקדש, שעליהן היו מסותתים מנורה,אתרוג, ולולב, וגם אחד משערי בית המקדש.